Način finansiranja Fonda za zaštitu životne sredine, propisan je članom 76 Zakona o životnoj sredini, pri čemu se stavom 3 utvrđuje da se sredstva za rad Eko-fonda obezbjeđuju iz: sredstava eko-naknada; kredita, donacija i pomoći; instrumenata, programa i fondova Evropske unije, Ujedinjenih nacija i međunarodnih organizacija; stranih ulaganja namijenjenih zaštiti životne sredine i drugih izvora u skladu sa zakonom.
Na osnovu člana 77 stav 2 alineja 3 Zakona, člana 5 Uredbe o visini naknada, načinu obračuna i plaćanja naknada zbog zagađivanja životne sredine i člana 18 Zakona o upravnom postupku, Agencija za zaštitu prirode i životne sredine donosi rješenja po osnovu kojih se vrše naplate eko naknada odnosno prikupljaju sredstva za finansiranje Eko-fonda i to:
- Naknada za uvoz supstanci koje uništavaju ozonski omotač
- Naknada za ispuštanje zagađujućih materija u vazduhu
- Naknada za stvaranje i deponovanje opasnog otpada
Eko-naknade su naknade zbog zagađivanja životne sredine koje se plaćaju po principu "zagađivač plaća".
Shodno Uredbi o aktivnostima odnosno djelatnostima koje emituju gasove sa efektom staklene bašte za koje se izdaje dozvola za emisiju gasova sa efektom staklene bašte, Eko-fond ostvaruje prihode od naknada za prenos emisionih kredita u iznosu od 0,1% minimalne cijene emisionog kredita koja iznosi 24€/tCO2
Članu 76 Zakona o životnoj sredini propisano je da se sredstva Eko-fonda koriste se za: finansiranje pripreme, sprovođenja i razvoja programa, projekata i sličnih aktivnosti na državnom i lokalnom nivou, u cilju očuvanja, održivog korišćenja, zaštite i unapređivanja životne sredine, energetske efikasnosti i korišćenja obnovljivih izvora i energije, sprovođenje ciljeva i načela zaštite životne sredine, radi postizanja integralnog i cjelovitog očuvanja kvaliteta životne sredine, očuvanja biološke, geološke i predione raznovrsnosti i racionalnog korišćenja prirodnih dobara i energije kao osnovnih uslova održivog razvoja, kao i ostvarivanje prava građana na zdravu životnu sredinu.
